Programmer 'amatir' yang melawan kanker payudara/tumor otak dengan 50 unit Geforce 1080Ti
(howardchen.substack.com)"Tidak semua pahlawan mengenakan jubah."
- Kisah tentang coolwulf, yang pada 2018 merilis situs yang mendiagnosis kanker payudara dari gambar X-Ray menggunakan AI
- Sepenuhnya gratis. Akurasinya mencapai 90%
- Kanker payudara memiliki tingkat kesembuhan yang tinggi jika ditemukan sejak dini, tetapi karena gejala awalnya tidak jelas, momen pengobatan yang tepat sering terlewat
- Pada akhirnya keputusan tetap harus dibuat oleh dokter, tetapi jika AI yang dapat dipercaya bisa mendeteksi tumor, itu cukup berharga karena memungkinkan penemuan dini
- Tulisan yang pertama kali ia publikasikan mendapat banyak sambutan, tetapi coolwulf yang memublikasikannya menghilang tanpa menampakkan dirinya
- Lalu pada 2022, coolwulf kembali dengan "proyek tumor otak" yang lebih penting. Masih sambil menyembunyikan dirinya..
- Isi wawancara seorang jurnalis yang mendatangi coolwulf, yang tinggal di wilayah tengah Amerika Serikat, dan mewawancarainya beberapa kali.
Nama asli Coolwulf adalah Hao Jiang
- Menyelesaikan program sarjana dan doktor di jurusan fisika Universitas Nanjing, lalu meraih gelar doktor di bidang teknik nuklir dan ilmu radiologi di University of Michigan
- Ia menilai kariernya seperti ini
Karier utama saya adalah 'pencitraan medis', tetapi di waktu luang saya juga seorang programmer 'amatir' yang mengembangkan proyek open source.
- Ia sudah menulis kode sejak masa mahasiswa, dan sebelum GitHub ia mengerjakan proyek sampingan di SourceForge maupun situs webnya sendiri
- Pada 2001 ia berpartisipasi dalam proyek terkait mesin rendering Gecko milik Mozilla, dan juga ikut serta dalam Phoenix, nama kode pendahulu Firefox
- Sejak 2009 ia juga menjalankan situs bernama Exp Deals Hotel yang membantu memesan hotel dengan harga murah
- Setelah menyelesaikan studi pencitraan medis di University of Michigan, ia memimpin pengembangan produk imaging detector di Bruker dan Siemens
- Setelah itu, bersama Weiguo Lu, profesor dari University of Texas, ia mendirikan perusahaan perangkat lunak terkait terapi radiasi dan kini mengembangkan produk teknologi AI serta terapi radiasi kanker
Menyaksikan kematian
- Jika terus menempuh jalur itu, ia mungkin akan menjadi pendiri startup sains, tetapi
ia menyaksikan seorang alumni Universitas Nanjing meninggal pada usia 34 tahun setelah melewatkan waktu pengobatan kanker payudara, meninggalkan seorang anak berusia 4 tahun - Ia pun menyadari bahwa banyak pasien kanker payudara terlambat didiagnosis karena sering kali tidak punya akses terhadap cara untuk menemukan kanker
- Karena ia memiliki pengalaman profesional yang tepat, muncullah gagasan untuk mendeteksi gambar X-Ray dengan AI
Mengumpulkan dataset
- Coolwulf terlebih dahulu mengunduh dataset DDSM dan MIAS dari situs web University of Florida
- Pada masa itu format datanya kuno dan bukan gambar Dicom standar, sementara gambarnya masih berupa hasil pemindaian film, sehingga ia menulis program khusus untuk mengubah semua informasi ke bentuk yang bisa digunakan
- Ia juga meminta dataset kanker payudara InBreast, materi nonpublik milik University of Barcelona
- Sambil itu ia membaca banyak dokumen dan menulis kode model
Membangun klaster GPU lokal
- Untuk melatih model secara efisien dibutuhkan hardware berperforma tinggi,
dan dengan uangnya sendiri ia membangun klaster GPU lokal dengan 50 unit Nvidia GTX 1080 Ti - Pada masa itu, karena crypto mining, tidak mudah mengumpulkan 50 kartu grafis
- Ia bahkan meminta bantuan teman-temannya untuk memburu GPU di Newegg/Amazon/Dell
- Selama 3 bulan, situs web "deteksi kanker payudara AI gratis" dibangun dan tayang pada 2018
Reaksi orang-orang
- Tidak diketahui berapa banyak orang yang memakainya. Karena masalah privasi, data tidak disimpan di server
- Namun banyak email ucapan terima kasih mulai datang dari para pasien. Terutama banyak dari Tiongkok
- Para pengguna mendeteksi tumor lewat situs web ini demi orang-orang di daerah terpencil dengan sumber daya medis yang minim
- Hanya beberapa tahun lalu teknologi ini belum sepopuler sekarang, sehingga proyek coolwulf nyaris menjadi pelopornya
- Situs web ini mendapat banyak perhatian dari industri, dan tempat seperti Rumah Sakit Universitas Fudan (universitas negeri di Shanghai) juga menyampaikan terima kasih lewat email serta menyatakan niat memberi dukungan finansial dan teknis
- Namun semua ini dibiayai sendiri oleh coolwulf, dan jumlahnya bukan kecil
- Ketika ditanya mengapa tidak dijadikan berbayar
"Pasien kanker dan keluarga mereka sudah menanggung terlalu banyak, jadi saya rasa semua orang ingin membantu mereka. Saya punya kemampuan untuk melakukannya."
- Selain situs web, ada juga versi desktop
Perubahan hidup yang kedua
- Pada 2021, Coolwulf mengalami perubahan besar yang kedua dalam hidupnya
- Sepupu rekan kerjanya menderita tumor otak yang sulit ditangani dan menjalani "Whole Brain Radiation Therapy (WBRT)"
- Sayangnya, beberapa bulan setelah menjalani WBRT, tumornya kambuh, dan tak ada lagi yang bisa dilakukan selain menunggu kematian
- WBRT adalah metode terapi yang menghilangkan tumor secara luas melalui radiasi; memang membunuh sel kanker, tetapi juga merusak jaringan otak normal, sehingga merupakan terapi untuk mengurangi munculnya lesi
- Dengan bahasa yang sedikit kurang kaku, WBRT mendekati "serangan tanpa pandang bulu"
- Karena itu, dengan mempertimbangkan batas dosis radiasi pada struktur penting otak seperti brainstem dan optical nerve, WBRT umumnya merupakan 'terapi yang hanya bisa dilakukan sekali seumur hidup (once-in-a-lifetime)'
- Setelah kejadian ini, coolwulf sepenuhnya mengubah sudut pandangnya dan memutuskan menembus tantangan di industri
→ Menerapkan AI bukan hanya pada tahap deteksi, tetapi pada pengobatan yang sebenarnya
Kondisi terkini pengobatan tumor otak
- Saat ini terapi yang paling umum untuk tumor otak adalah Whole Brain Radiation Therapy (WBRT)
- Di Amerika Serikat saja, setiap tahun 200 ribu orang menjalani WBRT
- Lalu, apakah pasien dengan banyak tumor otak benar-benar perlu mengambil risiko memilih WBRT (karena hanya sekali seumur hidup)?
- Tidak selalu, karena ada terapi lain yaitu stereotactic radiotherapy (Stereotactic Radiotherapy, Stereotactic Radiosurgery/SRS)
- Dibandingkan whole brain radiation therapy, stereotactic radiotherapy lebih terfokus sehingga dapat menghilangkan jaringan yang sakit secara presisi tanpa merusak jaringan normal
- Misalnya Gamma Knife adalah sejenis mesin stereotactic radiotherapy. Metode ini memiliki efek samping yang jauh lebih sedikit, lebih tidak berbahaya bagi pasien, dan dapat digunakan berkali-kali
- Pandangan umum di kalangan akademik adalah bahwa stereotactic radiotherapy lebih efektif sekaligus memberi kualitas hidup yang lebih baik bagi pasien
Untuk melakukan stereotactic radiotherapy
- Satu-satunya masalah adalah bahwa dengan stereotactic radiotherapy, sumber daya medis menjadi makin kurang
- Ini karena jika protokol ini diadopsi, ahli onkologi atau ahli bedah saraf harus secara akurat memahami kontur tiap tumor dan memberi label pada masing-masing tumor
- Medical physicist juga harus menyusun rencana terapi yang akurat untuk setiap tumor, sehingga menyelamatkan satu pasien saja memerlukan banyak waktu
- Karena itu, dokter selalu lebih memilih whole brain radiation therapy daripada stereotactic radiotherapy bila pasien memiliki lebih dari 5 lesi otak
- Namun AI dapat mengambil alih sebagian beban kerja dokter
- coolwulf sedang berupaya agar stereotactic radiotherapy bisa diberikan kepada lebih banyak pasien tumor otak
- Tetapi kali ini masalahnya jauh lebih sulit, sehingga tak mungkin lagi dilakukan sendirian. Karena itu ia bekerja sama dengan pusat medis University of Texas dan Stanford
- Dengan bantuan banyak orang, baru-baru ini 3 model AI berhasil dikembangkan
- Model yang secara otomatis membuat outline/label untuk brain metastases
- Model berbasis SVM-radiomics untuk dengan cepat mengurangi false positive
- Model berbasis peta dosis radiasi yang dioptimalkan untuk membagi banyak lesi dengan cepat ke dalam berbagai proses terapi
- Ketiga model ini saling melengkapi dan sesuai dengan alur kerja dokter, sehingga dapat sangat mengurangi beban kerja saat menggunakan stereotactic radiotherapy
Publikasi teknologi
- "An AI-based stereotactic Radiosurgery Management Web Platform for Brain Metastases"
- Proyek ini dipresentasikan di 2022 AAPM Spring Clinical Meeting dan 2022 AAPM annual meeting. Sekali lagi, proyek ini mendapat pengakuan luas di industri
- Bersama para penulis pendamping, coolwulf sedang mempercepat agar seluruh komunitas stereotactic radiotherapy menyadari, mengadopsi, dan benar-benar membantu lebih banyak pasien melalui pencapaian ini
- Dalam wawancara, coolwulf berulang kali menegaskan bahwa hasil ini sama sekali bukan dicapai sendirian
- Ia mengatakan bahwa semua orang yang diam-diam melawan kanker adalah pahlawan bersama, dan meminta agar para penulis pendamping dicantumkan
Zi Yang, Mingli Chen, Hao Jiang, Zabi Wardak, Strahinja Stojadinovic, Robert Timmerman, Tu Dan, Weiguo Lu, Xuejun Gu
- Dalam beberapa tahun terakhir, tingkat kematian akibat kanker telah turun 30% dibanding 30 tahun lalu.
- Jika laju ini berlanjut, mungkin pada suatu hari di masa depan kanker tidak lagi menjadi penyakit terminal
- Tetapi ini bukan jembatan yang bisa dilalui hanya dengan terus melaju lurus; ada tak terhitung banyaknya orang seperti coolwulf yang menerangi jalannya sendiri dari kedalaman
- Untuk menutup artikel, dikutip komentar seorang pengguna yang diunggah di Reddit
Tidak semua pahlawan mengenakan jubah.
“Not all heroes wear capes”
21 komentar
Terima kasih banyak sudah menerjemahkan tulisan yang menyentuh ini.
Wow.. benar-benar luar biasa.
Luar biasa.
Terima kasih.
Sungguh orang yang pantas disebut pahlawan. Terima kasih sudah memperkenalkan tulisan yang bagus ini.
Sangat keren dan menginspirasi..
Terima kasih sudah menerjemahkan tulisan yang bagus ini!
Terima kasih atas tulisan yang bagus.
Terima kasih telah membagikan tulisan yang luar biasa ini dan terjemahannya!
Wow..
Terima kasih sudah menerjemahkannya. Saya membacanya dengan penuh apresiasi.
Sungguh mengharukan.
Tulisan yang benar-benar membuka pikiran ...
Ternyata saya memang malas.
Saya jadi sedikit lebih termotivasi.
Ini mengingatkan saya pada proyek beowulf lama. Terima kasih atas informasinya yang bagus.
Wah.. awalnya saya mulai membaca sambil berpikir begitu.. tapi akhirnya saya jadi membacanya dengan saksama. Selain kata keren dan perintis, rasanya tidak ada kata lain yang langsung terlintas. Tentu saja bukan berarti dia menangani semuanya sendirian, tetapi saya ingin memberikan tepuk tangan untuk banyak coba-coba dan kerja keras yang telah dilalui.
Awalnya saya membacanya sekilas, lalu akhirnya duduk di meja dan membacanya dengan saksama. Setiap kalimat yang Anda terjemahkan benar-benar menusuk hingga ke relung hati. Membuat saya banyak berpikir juga… Ini adalah tulisan yang menyalakan satu lampu kecil dalam karier saya yang sempat terasa seperti tersesat. Terima kasih!
Wah, rasanya kerja keras menerjemahkan jadi terbayar. Semangat!
Anda benar-benar seorang pahlawan.
Kecerdasan yang diwujudkan dalam tindakan.
Benar-benar keren. Terima kasih!
Coolwulf sendiri yang langsung mengunggah berita ini ke HN. https://news.ycombinator.com/item?id=31449147
Di komentar ada yang mempertanyakan kenapa layanannya memakai http, standar apa yang dipakai untuk akurasi, dan sebagainya.. tapi saya membacanya dengan sangat tertarik.
Ini adalah situs pemeriksaan kanker payudara yang dibahas dalam tulisan tersebut. http://mammo.neuralrad.com:5300/upload
Saya juga kurang tahu apakah di Korea pasien bisa mendapatkan foto hasil pemeriksaan Mammogram (mamografi) setelah menjalani tes.
Sebagian besar citra pasien yang diambil di rumah sakit bisa diperoleh oleh pasien sendiri jika menginginkannya. Mungkin ada biayanya (berbeda-beda tiap rumah sakit, tetapi seingat saya sekitar 10.000 won), dan jika mengajukannya Anda bisa menerimanya dalam bentuk CD. Jika citra DICOM di dalam CD ini dikonversi ke jpg, sepertinya bisa digunakan.
Ah begitu. Terima kasih!