DNA kanker dapat dideteksi dalam darah beberapa tahun sebelum diagnosis

• Jejak genetik kanker dapat dideteksi dalam darah bahkan beberapa tahun sebelum penyakit didiagnosis
• Para peneliti menunjukkan bahwa dengan teknologi yang sangat sensitif dan akurat, DNA tumor dalam jumlah amat kecil dapat diidentifikasi, sehingga berpotensi menjadi alat skrining kanker dini
• Dalam analisis sampel darah lama, pada sebagian peserta, jejak DNA kanker sudah terdeteksi sejak beberapa bulan hingga lebih dari 3 tahun sebelum diagnosis
• Dengan menerapkan metode analisis canggih seperti Whole Genome Sequencing, bahkan varian spesifik kanker dalam jumlah sangat kecil pun dapat ditangkap
• Meski masih diperlukan lebih banyak penelitian skala besar dan validasi, penerapan klinisnya diharapkan sangat memperluas peluang deteksi dini dan pengobatan kanker

---

DNA kanker terdeteksi dalam darah sebelum diagnosis

• Sidik genetik kanker dapat sudah hadir dalam darah bertahun-tahun sebelum pasien menerima diagnosis
• Tim peneliti Johns Hopkins University mendeteksi jejak DNA tumor dalam sampel darah yang diambil lebih dari 3 tahun sebelum diagnosis kanker
• Sebelumnya sudah diketahui bahwa sel kanker melepaskan fragmen DNA ke aliran darah, tetapi deteksi pada tahap sangat awal dianggap sangat sulit karena jumlahnya amat sedikit

Gambaran penelitian dan hasil

• Tim peneliti menggunakan sampel yang disimpan dari studi kohort jangka panjang pada 1980-an hingga 1990-an
• Dari 26 peserta yang didiagnosis kanker dalam 6 bulan, sinyal gen kanker terdeteksi dalam darah 8 orang
• Lebih jauh lagi, bahkan dalam sampel yang diambil lebih dari 3 tahun sebelum diagnosis, varian DNA spesifik kanker diidentifikasi dengan teknologi Whole Genome Sequencing
• Deteksi varian berhasil dilakukan hanya dengan sedikit plasma darah (sekitar satu sendok teh), yang menunjukkan bahwa sensitivitas bisa meningkat lebih jauh pada sampel yang lebih segar dan lebih besar volumenya

Tantangan teknis dan interpretasi

• Sampel darah yang digunakan telah disimpan selama 40 tahun, dan bukan dalam kondisi yang dioptimalkan untuk pelestarian DNA, namun hasil tetap diperoleh
• Karena varian spesifik kanker hadir dalam jumlah yang sangat kecil, penelitian ini menangkap informasi yang kemungkinan terlewat oleh pemeriksaan konvensional
• Penyempurnaan sampel dan kemajuan teknologi diharapkan dapat meningkatkan tingkat deteksi kanker dini

Implikasi klinis dan prospek ke depan

• Dengan diagnosis dini, peluang intervensi pengobatan dapat dimajukan dari beberapa bulan hingga beberapa tahun, sehingga diharapkan meningkatkan angka kelangsungan hidup pasien
• Diperlukan validasi tambahan berskala besar sebelum bisa diterapkan luas dan digunakan secara klinis
• Seperti masa depan bergaya Star Trek, disebutkan pula kemungkinan pengobatan pencegahan ketika DNA kanker ditemukan dalam darah
• Tim peneliti menyatakan, “penelitian lanjutan dengan lebih banyak sampel pasien sedang berlangsung”

[GN⁺]

Komentar Hacker News

• Saya ingin berbagi beberapa pemikiran berdasarkan pengalaman saya yang selama 10 tahun terakhir berfokus pada riset circulating-tumor DNA (ctDNA)

  • Kanker mulai tumbuh perlahan jauh sebelum didiagnosis
  • Tantangan utama ctDNA adalah memperoleh sensitivitas dan spesifisitas yang "berguna"
  • Misalnya, jika mutasi gen terkait kanker dicari dan difilter dari DNA plasma dengan ultra-deep sequencing, lalu sejumlah kecil mutasi TP53 terdeteksi, sulit menilai tindakan apa yang sebenarnya bisa diambil
  • Banyak orang, seiring bertambahnya usia, sedikit demi sedikit menumpuk somatic mutation di seluruh tubuh
  • Sebagian besar orang di atas 50 tahun memiliki klon prakanker seperti CHIP di esofagus, prostat, atau darah
  • Tes MCED (Multi-Cancer Early Detection) yang populer menggabungkan beberapa sinyal untuk menutupi kekurangan sensitivitas dan spesifisitas, tetapi menurut saya masih belum cukup untuk digunakan pada seluruh populasi
  • Pada tingkat sensitivitas-spesifisitas MCED saat ini, beban biaya diagnosis lanjutan terlalu besar sehingga tidak ekonomis
  • Strategi bertahap (MCED → pemeriksaan non-invasif yang lebih presisi) sambil meningkatkan spesifisitas dan menekan biaya tampaknya punya potensi (misalnya Harbinger Health)

  • Ini mirip dengan MRI seluruh tubuh untuk tujuan pencegahan

    • Noise-nya sangat banyak, dan datanya sangat berlebihan sehingga saat ini masih sebatas tahap riset
    • Saya rasa untuk penerapan klinis jangka pendek, mudaratnya justru bisa lebih besar
    • Namun, jelas ada kemungkinan membangun pipeline yang memanfaatkan data seperti ini untuk meningkatkan kesehatan semua orang secara besar-besaran
    • Untuk itu dibutuhkan akumulasi data jangka panjang pada jutaan orang (MRI tahunan, sequencing genetik, tes darah)
    • Nilai diagnostik yang nyata baru muncul secara statistik pada sampel yang sangat besar
    • Sebagian besar insight bermakna yang akan kita temukan kemungkinan besar akan ditemukan secara tak terduga
    • Pada akhirnya, data skala besar berdimensi tinggi seperti ini harus diproses dengan machine learning untuk menemukan sinyal yang nyata
    • Kita harus melacak orang-orang yang akan didiagnosis kanker 14 tahun kemudian selama waktu lama untuk memodelkan perbedaan indikatornya
    • Saat ini teknologinya sudah ada untuk melakukan analisis semacam itu
    • Namun kenyataannya, sistem di AS dijalankan sebagai sistem layanan kesehatan berorientasi profit yang berfokus pada pasien yang penyakitnya sudah cukup lanjut
    • Uji klinis jangka panjang berskala besar terlalu mahal, dan karena persoalan tanggung jawab, bahkan lesi mencurigakan kecil yang ditemukan selama uji klinis harus diberitahukan dan ditindaklanjuti untuk semua pasien, sehingga data sulit benar-benar terkumpul
    • AS tidak bisa menjalankan uji klinis seperti ini secara sistematis; justru Inggris atau Tiongkok mungkin bisa

  • Saya rasa kecepatan perkembangan teknologi diagnosis tidak diimbangi oleh kecepatan tersedianya terapi yang nyata

    • Kita makin mahir mendeteksi tahap prakanker, tetapi tindakan yang tersedia pada akhirnya hanya kemoterapi atau operasi yang sudah ada, yang menimbulkan banyak efek samping, biaya, dan penurunan kualitas hidup
    • Jika ada terapi pencegahan yang efisien dan aman, dan risikonya rendah meskipun ada sedikit false positive, itu bisa dengan mudah diberikan kepada orang yang hasil tesnya positif, tetapi saat ini itu terdengar seperti mimpi
    • Intervensi gaya hidup juga bisa diterapkan jika buktinya cukup kuat
    • Menurut saya kita masih sangat jauh dari kondisi ideal itu

  • Saya penasaran apakah alat berbasis ctDNA sudah cukup sensitif dan spesifik untuk digunakan dalam menentukan terapi adjuvan (tambahan) pascaoperasi

    • Misalnya, apakah bisa dipakai untuk menilai apakah kanker sudah benar-benar diangkat seluruhnya lewat operasi (reseksi R0), atau apakah pasien masih memerlukan kemoterapi dan obat tambahan

  • Saya menaruh perhatian pada masalah base rate di bidang seperti ini

    • Bahkan tes yang sangat bagus pun, secara intuitif, kemungkinan besar akan memberi hasil positif pada orang-orang yang pada akhirnya tidak berkembang menjadi penyakit terkait

  • Saya mengusulkan agar tes darah dilakukan secara berkala sejak usia muda, lalu perubahan nilainya (delta) dilacak supaya sinyal abnormal yang spesifik bisa ditangkap dengan lebih sensitif

    • Bukan sekadar nilai yang tinggi sejak awal, tetapi jika ada penanda spesifik baru yang kemudian muncul, mungkin itu bisa lebih diperhatikan untuk deteksi dan respons

• Asuransi kesehatan di AS pada umumnya tidak banyak menanggung layanan pencegahan karena masalah biaya

  • Perhitungannya adalah biaya pemeriksaan tambahan akibat false positive, lalu ketika penyakit yang sebenarnya muncul beberapa dekade kemudian, biayanya pada akhirnya akan ditanggung pihak lain (pemerintah)
  • Melihat kondisi kesehatan populasi AS, saya rasa ada kebutuhan untuk lebih aktif mendorong lebih banyak orang memakai obat pencegahan seperti GPL-1, sekaligus berinvestasi untuk meningkatkan efektivitas dan keberlanjutannya
  • Misalnya, sudah ada lebih dari 100 juta orang di AS yang berada pada tahap pradiabetes, sehingga biaya medis terkait di masa depan saja bisa mencapai 4 triliun dolar per tahun
  • Seperti vaksin COVID, saya rasa ada urgensi untuk menasionalisasi paten di tingkat negara dan mendorongnya dengan cepat serta berani

  • Seorang teman saya adalah veteran yang pensiun di pertengahan usia 60-an dan ditanggung Medicare maupun Tri-Care

    • Ia punya kelainan prostat (PSA 12→19) dan ingin memastikan ada tidaknya kanker dengan PET scan (senilai sekitar 7.500 dolar), tetapi kedua asuransi menolak menyetujui scan itu untuk tujuan deteksi dini
    • Jika semua orang yang mendapat sinyal dari cfDNA dan sejenisnya kemudian menginginkan pemeriksaan lanjutan yang rinci, jelas sistem layanan kesehatan AS tidak akan mampu menanggung pola layanan seperti itu

  • Menyedihkan bahwa layanan kesehatan yang berfokus pada pencegahan tidak terlalu dihargai di AS

  • Tidak mudah bagi otoritas kesehatan untuk merekomendasikan resep GLP-1 bagi populasi pradiabetes

    • Misalnya, bahkan vaksin COVID yang hanya sekali suntik saja memicu penolakan besar ketika diwajibkan

  • Sistem layanan kesehatan yang dijalankan secara birokratis tidak efisien di mana pun

    • Di Kanada, di beberapa provinsi, setelah mendapat rujukan pasien bisa menunggu lebih dari 1 tahun sampai perawatan
    • Sebagian besar Eropa juga mengalami masalah akses serupa, meski Prancis dan Belanda relatif lebih baik
    • AS memiliki struktur kacau yang mencampurkan regulasi pemerintah yang rumit, program publik, dan perusahaan profit
    • Pada 2023, pengeluaran layanan kesehatan mencapai 18% dari GDP
    • AS memiliki peralatan diagnostik seperti MRI paling banyak di antara negara OECD, dan tingkat kelangsungan hidup 5 tahun untuk kanker/penyakit jantung juga sangat tinggi
    • Namun di luar itu, sebagian besar sistem layanan kesehatan juga memiliki inefisiensi serius dalam banyak aspek
    • Menariknya, hanya di bidang tertentu seperti bedah kosmetik dan LASIK harga justru benar-benar turun relatif terhadap inflasi, akibat tingginya pembayaran langsung dan persaingan yang makin ketat
    • Inovasi medis adalah satu-satunya pendorong yang benar-benar bisa menurunkan biaya. Namun perangkat atau terapi baru umumnya hanya berubah dalam siklus 10–30 tahun
    • Jika saya yang merancang sistem medis, saya akan memberi kebebasan kepada siapa pun untuk menyediakan tindakan medis asalkan kualifikasinya dijelaskan dengan jelas
    • Untuk inovasi dan perkembangan industri, pembatasan masuk yang berlebihan itu fatal
    • Tentu, intervensi pemerintah tidak sepenuhnya buruk. Jika berinvestasi dengan sungguh-sungguh pada riset publik (pengembangan obat baru, teknik medis, dataset terbuka), nilai inovatif akan tercipta
    • Jika sektor swasta fokus pada delivery dan inovasi, sementara pemerintah berinvestasi secara strategis pada riset dasar, inovasi medis akan terjadi di setiap generasi

  • Asuransi kesehatan swasta di AS hanya wajib menanggung perawatan yang "secara medis diperlukan"

    • Dalam praktiknya, asuransi juga menanggung hal-hal yang pada dasarnya tidak memberi manfaat langsung bagi perusahaan asuransi (misalnya obat golongan statin)

• Bahkan jika kanker benar-benar bisa ditangkap pada tahap sangat awal, kenyataannya perusahaan asuransi dan layanan kesehatan enggan menanggung biaya skrining

  • Sebenarnya tesnya bisa dilakukan jika biayanya ditanggung sendiri
  • Seorang peneliti kanker menjelaskan demikian
  • Namun ada beberapa hal yang perlu diperhatikan
    1. Ada sangat banyak nuansa dalam proses diagnosis. Pada kebanyakan orang, sangat sedikit sel kanker selalu bisa ditemukan di darah setiap saat
    2. Skrining itu sendiri menelan biaya 5–10 ribu dolar, dan bila ditambah pemeriksaan tindak lanjut, biayanya meningkat besar
    3. Total biayanya tinggi, dan ini bukan tes yang sudah diproduksi massal atau digunakan secara universal

  • Kita bisa mendeteksi kanker lebih awal, tetapi pada saat yang sama kita juga bisa menemukan banyak temuan non-kanker

    • Efektivitas biaya dari tes-tes baru ini masih belum cukup diteliti, sehingga perusahaan asuransi dan sistem layanan kesehatan pun keberatan menanggungnya
    • Jika pemeriksaan tambahan pada akhirnya menunjukkan bahwa itu bukan kanker, pasien pun tetap bisa menghadapi risiko
    • Dalam beberapa kasus, menemukan kanker lebih awal justru mungkin tidak memberi manfaat terapi
    • Di AS, Inggris, dan tempat lain sedang ada upaya melalui uji klinis besar untuk mencari nilai serta skema kompensasi yang tepat bagi tes kanker berbasis darah
    • Tes seperti Galleri bisa didapat dengan biaya sendiri (kurang dari 1.000 dolar), sedangkan MRI seluruh tubuh sekitar 2.000–5.000 dolar

  • Saya setuju bahwa menemukan kanker lebih awal akan jauh lebih murah daripada biaya perawatan jangka panjang

  • Jika tingkat false positive tinggi, tes seperti ini justru bisa menimbulkan kerugian yang lebih besar bagi individu maupun masyarakat

    • Ada risiko nyata dari pemeriksaan dan pengobatan yang tidak perlu

  • Melihat catatan kehati-hatian di atas, tampaknya tidak ada dasar yang sepenuhnya jelas bahwa perusahaan asuransi harus selalu menanggung biayanya

  • Itu pemahaman umum yang keliru

    • Pendapat yang sering terdengar adalah, "tidak perlu tahu terlalu detail; jika terlalu terpaku pada diagnosis kecil, justru mudaratnya bisa lebih besar"
    • Kanker selalu terjadi, tetapi sering kali berlalu tanpa menimbulkan masalah berarti

• Karena pekerjaan saya, saya tahu sedikit tentang Cell-free DNA (CfDNA)

  • CfDNA sudah dikenal sejak beberapa dekade lalu, tetapi baru belakangan ini mendapat perhatian besar seiring kemajuan imunoterapi kanker yang ditargetkan
  • CfDNA juga bisa dimanfaatkan sebagai "liquid biopsy" (cukup dengan mengambil darah, lokasi dan jenis tumor bisa diperkirakan sampai tingkat tertentu)
  • Di industri ini, banyak yang melihat bahwa tes CfDNA sebentar lagi akan menjadi hal umum seperti tes darah standar dalam check-up tahunan
  • Saya rasa nilainya sangat besar untuk prediksi dan pencegahan
  • Saya penasaran seberapa bisa hasil tes itu benar-benar dimanfaatkan
    • Jika DNA tumor dalam jumlah sangat kecil terdeteksi, apa yang sebenarnya bisa dilakukan, apalagi lokasi tumornya pun belum tentu diketahui; saya penasaran sejauh mana pencegahan benar-benar mungkin

• Dengan memanfaatkan teknologi yang kini memungkinkan kita menemukan kanker jauh lebih awal dari perkiraan, saya rasa kita bisa mengembangkan terapi pencegahan yang meningkatkan kemampuan alami tubuh dalam menyingkirkan kanker

  • Misalnya, kumpulkan ribuan orang yang jejak DNA terkait kankernya sudah terdeteksi, meski belum cukup untuk menjadi indikasi terapi
  • Satu kelompok diberi bahan yang mungkin berpotensi mencegah kanker seperti ekstrak Auricularia auricula sekali sehari, kelompok lain diberi plasebo
  • Lalu tes deteksi dini diulang untuk membandingkan perbedaan kekuatan sinyal DNA antara kedua kelompok
  • Saya rasa jika uji klinis seperti ini benar-benar terlaksana, nilainya akan besar
    • Perlu dorongan dari akademisi dan komunitas, dan belum jelas apakah bisa lolos IRB (komite etik uji klinis)
    • Jika ide yang sama diterapkan pada pemantauan inflamasi, saya rasa akan terkumpul data yang sangat berharga

• Kerabat kami pernah mendapat hasil positif dari tes semacam ini

  • Secara teori itu sinyal yang cukup berguna, tetapi dalam praktiknya jarang bisa langsung dimanfaatkan
  • Awalnya diduga kanker lama kambuh/bermetastasis, tetapi pada kenyataannya penyebabnya tidak ditemukan sehingga pasien hanya menunggu sambil terus menjalani pemeriksaan lanjutan
  • Sekitar setahun kemudian nilainya turun dengan sendirinya, dan pada akhirnya tidak terjadi apa-apa
  • Dalam tubuh, sel prakanker memang kadang secara alami dieliminasi oleh sistem imun, dan tes seperti ini juga menangkap proses normal semacam itu

• AgelessRx menyediakan layanan seperti Galleri Multi-Cancer Early Detection test

  • AgelessRx juga menyediakan berbagai layanan terapi umur panjang

  • Jika dibeli langsung dari situs resmi Galleri (https://www.galleri.com/), harganya lebih murah (799 dolar vs 949 dolar)

    • Saya menjalani tes ini setiap tahun, dan sejauh ini tidak ada kelainan

  • Beberapa perusahaan asuransi jiwa bahkan menyediakan tes Galleri gratis sebagai layanan pelanggan

    • Perusahaan asuransi saya juga mengatakan mereka tidak akan mengetahui hasilnya, jadi saya menjalani tes itu dan memperoleh hasil yang secara statistik menguntungkan
    • Saya penasaran seperti apa kegunaan tes-tes semacam ini ke depannya dalam jangka panjang

• Saya rasa startup berbasis tes darah menjanjikan sebagai ide bisnis

  • Saya penasaran apakah tes seperti ini bisa dilakukan hanya dengan jumlah darah yang sangat sedikit

  • Percakapan ini lucu

    • Beberapa waktu lalu saya melihat artikel tentang Siphox Health dan ingat sempat berpikir saya tidak begitu paham itu apa

  • Apakah Anda pernah melihat function health?

    • Saat ini itu perusahaan unicorn
    • Mereka bermitra dengan Quest Diagnostics untuk menganalisis berbagai biomarker, lalu bahkan memberikan rekomendasi pola makan/suplemen dengan AI seperti ChatGPT (499 dolar untuk 2 kali per tahun)
    • Mereka menganalisis 100 biomarker, yang jika dibeli eceran secara individual akan menelan biaya lebih dari 15.000 dolar
    • Saya adalah pelanggan mereka, dan sangat puas dengan layanannya

• Saya mengusulkan agar informasi tentang sinyal kanker yang terdeteksi terlalu dini disampaikan lebih dulu kepada GP (dokter umum/pribadi), bukan langsung ke individu, lalu pasien hanya memutuskan pemeriksaan atau perawatan tambahan bila memang perlu, atau dipulangkan tanpa kekhawatiran

• Tautan arsip artikel